1. Основная ошибка - гидролог, в рамках судебной экспертизы, не определяет статус водного объекта, он определяет факты, способствующие определению статуса. В случае вопроса «пруд или озеро», основным становится вопрос «естественный или искусственный водоем», соответственно, любые методы, дающие ответы на него (рекогносцировка, дешифрирование ДЗЗ, изучение архивов и т.д. и т.п)
2. Основной документ один - Водный кодекс. К нему добавляется ГОСТ «Гидрологии суши. Термины и определения», и получаем основу для этой работы. А далее можете использовать практически любую методическую литературу, которую найдёте - если сможете обосновать корректность её применения. Какие нибудь «Наставления гидроместанциям и постам» в обосновании не нуждаются, а вот литература типа монографии Иванова И.И. «Отличие озера от пруда», выпущенное издательством «Православная книга» тиражом 20 экз. нуждается в хорошем обосновании.
3. Если дошло до судебного разбирательства, то тогда предоставляется в виде «Заключения эксперта», согласно определения суда. Но, при этом не забываем, что данное заключение - всего лишь одно из доказательств, оно не является основным и суд в итоге примет решение исходя из своих внутренних убеждений