Вообще ООСники в своем отчете должны отразить оценку и прогноз возможных изменений природных и техногенных условий территории. Вы же можете в своем отчете добавить фразу, что изменения в гидрологическом режиме рек в районе изысканий, связанные со строительством и эксплуатацией карьеров, при условии выполнения мероприятий по охране недр и окружающей среды, ожидаются минимальными. Если это не устроит заказчика, думаю есть смысл связаться с заказчиком и поинтересоваться что он имел ввиду под этим замечанием.